...В последний год своей жизни отец Иоанн часто и сильно болел.
"Моя физическая сила истощилась, - писал он в своем дневнике, - но дух мой бодр и горит любовию к моему возлюбленному Жениху - Господу Иисусу Христу...
Хочу я видеть Неначальную Благость, Светлость, Красоту, бесконечную Премудрость и Силу, создавшую всё, всё держащую и всем управляющую, но... я не готов, не чист сердцем... "
9 декабря 1908 года отец Иоанн отслужил свою последнюю литургию в Андреевском соборе.
С этого дня он совсем ослабел, перестал выходить из дома.
Но ежедневно к нему приходил священник со Святыми дарами и причащал его, и отец Иоанн находил великое утешение в этом соединении с Господом.
...Наступили последние три дня земной жизни отца Иоанна.
17 декабря он выразил желание подышать свежим воздухом и его покатили в карете по городу. Именно во время этой прогулки отец Иоанн простудился, и его болезнь осложнилась.
Вечером в этот день к нему приехала игумения Ангелина, настоятельница Иоанновского монастыря в Петербурге.
– Какое сегодня число? – спросил её отец Иоанн.
– Семнадцатое, – ответила она.
– Значит, ещё три дня, – сказал, как будто про себя отец Иоанн.
Игумения передала ему желание сестёр монастыря, чтобы он посетил их на Рождество, послужил Литургию и причастил их.
– Я приеду, приеду, – ответил он, – только не смогу вас причастить. Ждут меня и в Святейшем Синоде. И мимо него проеду.
На другой день отец Иоанн почувствовал сильную слабость, а еще через день, 19 декабря утром, он уже не мог выйти и встретить священника со Святыми Дарами, как это делал до сих пор, и причастился лишь Святой Кровью.
В течение всего этого дня отец Иоанн находился как бы в забытьи, с закрытыми глазами сидя в кресле. Время от времени слышались стоны, выдававшие его страдания. Однако сознание его оставалось ясным до конца.
Своё последнее распоряжение батюшка сделал 19 декабря в восемь часов вечера.
Игумения Ангелина попросила его благословения и на освящение храма-усыпальницы в монастыре, этот храм давно уже был готов, но ещё не освящён.
На этот вопрос батюшка ответил: «Да, да, освящай», и поднял руку в знак благословения.
Получив благословение, игумения поехала, чтобы распорядиться об освящении.
По просьбе престарелой и больной супруги отца Иоанна – Елизаветы Константиновны в квартире батюшки на ночь остались только священник Иоанн Орнатский и Руфина Григорьевна Шемякина, его родственники, которые вместе с прислугой батюшки не отходили от него всю ночь.
Но они не могли облегчить его страданий.
От всякой врачебной помощи батюшка решительно отказался и после восьми часов вечера только два раза согласился принять несколько капель святой воды.
В десять часов батюшка выразил желание встать с кресла.
Его подняли и положили на постель, но через несколько минут он опять захотел встать и оставался в кресле до часу ночи в таком же положении, как раньше.
Где были в это время мысли страдальца-пастыря?
Вероятно, он молился в последний раз той умной молитвой, которой так любил отдаваться в то время, когда, измученный целодневными трудами, он возвращался в Кронштадт с парохода или с поезда.
Среди ночи батюшка дрожащей рукой сделал знак, что хочет встать.
Его подняли опять, но теперь, однако, его ноги отказались ему служить. Опять положили его в постель.
Вместе с тем, видя его тяжёлое положение, распорядились отслужить святую Литургию раньше обычного времени.
Литургия началась около трех часов утра, а к четырем часам священник Иоанн Аржановский, заменявший больного духовника батюшки, и кафедральный священник Николай Петровский пришли со Святыми Дарами.
Отец Иоанн в последний раз причастился Святой Кровью.
После причастия сам вытер уста и некоторое время оставался совершенно спокойным, а потом произнес свои последние слова: "Душно мне, душно".
И знаком пожелал освободиться от излишней одежды, так как был в теплом подряснике. Его просьба была исполнена.
Скоро батюшка впал в забытье.
Его дыхание было спокойным, но становилось всё тише и тише.
Священник Иоанн Орнатский начал читать канон на исход души, а после этого отходную, и когда кончил чтение и подошел к одру умирающего, батюшка лежал неподвижно с руками, сложенными на груди; едва были слышны последние вздохи, и великий пастырь совершенно спокойно предал свой дух Богу.
Его глаза, которые до сих пор оставались закрытыми, открылись на миг и из них вытекли две чистые, как кристалл, слезинки.
Это были последние слёзы великого молитвенника-страдальца.
Его праведная душа успешно закончила школу земного существования, вынесла тяжелый спасительный крест, вытерпела подвиг, удержала победу и перешла в другой мiр, где нет ни болезни, ни скорби, ни воздыхания, но жизнь вечная.
Невольно слёзы и рыдания вырвались у очевидцев этого Таинства.
На часах было 7 часов 40 минут утра, 20 декабря 1908 года.
Святой праведник был по его завещанию погребён в Иоанновском женском монастыре в Петербурге.
